Una gran guerra a iniciado, el imperio de Britannia busca hacerse del Japón y su ambición es solo superada por sus fuerzas, los "Knightmare Frames". Los japoneses se defienden ferózmente, incluso parece haber esperanzas, pero la realidad es cruda y abrupta. Japón es conquistado en tan sólo un mes.
El vencedor sentencia, Japón pierde su libertad y su nombre, pasando a ser una colonia del tirano. Area Eleven es ahora, y sus habitantes son menospreciados y relegados.
Los Elevens son aislados en lugares específicos, solo para ellos, son el menos de la tierra que alguna vez fue suya, traicionados por lo justo, olvidados en su encierro, en su pena, en su identidad.
Pero algunos grupos brotan por aquí y por allá, buscando reivindicación y decididos a safarse del lastre del yugo extranjero. Y de entre esos grupos, surge una esperanza, un chico que irónicamente, es el hijo del emperador del Imperio de Britannia, Lelouch Lamperouge.
Lelouch Lamperouge esta muy enemistado con su padre, lo culpa de impotente al ver morir a su madre y no hacer nada por evitarlo o vengarla, también de que su hermana ahora esté liciada. Y además, Lelouch en el fondo desea ver sufrir al imperio, así que forma la Orden de los Caballeros Negros, usando de doble identidad a Zero y el peligroso poder Geass.
El poder Geass le permite a Lelouch controlar la mente de las personas, momentaneamente, pero su naturaleza es voluble, y como puede beneficiar a su portador, puede conducirlo a la locura.. o peor aún..
¿Cómo irá evolucionando el poder Geass en Lelouch?, ¿Qué cosas irá descubriendo?, ¿Conseguirá consumar su venganza en contra del imperio?.
